Optilised mikroskoobid kasutavad proovide vaatamiseks nähtavat valgust. Viiruste väga väikese suuruse tõttu on nende vaatlemiseks tavaliselt vaja suurema suurendusega mikroskoopi. Kuid kuna viiruste suurus on nähtava valguse lainepikkusele lähedane või isegi väiksem, piirab see optilise mikroskoopia abil viiruste otsese vaatlemise eraldusvõimet. Seetõttu on viiruste üksikasjalikumaks vaatamiseks sageli vaja elektronmikroskoopi.
Elektronmikroskoobid kasutavad valguskiirte asemel elektronkiire ja suudavad saavutada suurema eraldusvõime kui optilised mikroskoobid. Elektronmikroskoopia võib pakkuda viiruse üksikasjade suuremat suurendus- ja eraldusvõimet, võimaldades teadlastel viiruste struktuuri ja omadusi üksikasjalikumalt uurida.
Viiruse vaatamiseks vajalik suurendus sõltub viiruse suurusest ja nõutavast detailsusest. Kuna viiruste suurus on sageli nanomõõtmetes, on nende jälgimiseks sageli vaja suurema suurendusega mikroskoope.
Valgusmikroskoobid võimaldavad tavaliselt suurendusi 1000-2000x. Sellest suurendusest piisab mõne suurema viiruse, näiteks suurte DNA viiruste vaatlemiseks.
Väiksemate viiruste või suurema eraldusvõimega üksikasjade puhul kasutatakse aga elektronmikroskoopi. Elektronmikroskoobid võivad pakkuda suuremat suurendust, ulatudes sageli 100,000 korda või rohkem. See suur suurendus võib anda üksikasjalikuma ülevaate viiruse struktuurist ja omadustest.
Oluline on märkida, et suurendamine ei ole ainus tegur, mis viiruste jälgimist mõjutab. Eraldusvõime on samuti oluline tegur, mis määrab väikseima detaili suuruse, mida mikroskoop suudab lahendada. Väiksemate viiruste puhul on peenemate detailide jäädvustamiseks vaja suurema eraldusvõimega mikroskoopi.