Mikroskoope on mitut tüüpi:
1. Valgusmikroskoop (optiline mikroskoop): see on kõige levinum mikroskoobi tüüp, mis kasutab objektide suurendamiseks nähtavat valgust. Sellel on mitmesuguseid mudeleid, sealhulgas liitmikroskoobid, stereomikroskoobid ja digitaalmikroskoobid.
2. Elektronmikroskoop: need mikroskoobid kasutavad suurendatud kujutise loomiseks valguse asemel elektronkiirt. On kahte peamist tüüpi: transmissioonelektronmikroskoop (TEM) ja skaneeriv elektronmikroskoop (SEM).
3. Fluorestsentsmikroskoop: seda tüüpi mikroskoop kasutab fluorestsentsi proovi teatud osade visualiseerimiseks. Seda kasutatakse sageli bioloogias ja meditsiinilistes uuringutes.
4. Konfokaalne mikroskoop: see mikroskoop kasutab laserskaneerimist väga üksikasjalike kujutiste loomiseks. Seda kasutatakse tavaliselt bioloogilistes uuringutes ja meditsiinilises pildistamises.
5. Faasikontrastmikroskoop: see mikroskoop suurendab läbipaistvate ja värvimata proovide kontrastsust, muutes need nähtavaks ja hõlpsamini uuritavaks.
6. Polariseeriv mikroskoop: seda mikroskoopi kasutatakse kristallide ja muude materjalide optiliste omaduste uurimiseks valguse polariseerimise teel.
7. Digitaalne mikroskoop: seda tüüpi mikroskoop jäädvustab proovist digitaalseid pilte ja videoid, mis võimaldab lihtsamalt jagada ja analüüsida.
8. Skaneeriva sondi mikroskoop: seda tüüpi mikroskoobiga saab pindu uurida, skaneerides proovi üle sondi. See hõlmab aatomjõumikroskoope (AFM) ja skaneerivaid tunnelmikroskoope (STM).
Need on vaid mõned näited saadaolevatest erinevat tüüpi mikroskoopidest. Igal tüübil on oma spetsiifilised rakendused ja eelised, mis sõltuvad uurimisvaldkonnast ja vaadeldava valimi iseloomust.