Mikroskoop on üks inimkonna suurimaid leiutisi. Enne selle leiutamist piirdusid inimeste ettekujutused ümbritsevast maailmast palja silma kasutamisega või objektiivide hoidmisega, et aidata näha palja silmaga.
Mikroskoobid on avanud inimese nägemises täiesti uue maailma, nähes esimest korda sadade "uute" pisikeste loomade ja taimede sisemist tööd, alates inimkehadest kuni taimsete kiududeni. Mikroskoopia aitab ka teadlastel avastada uusi liike ja aitab arstidel haigusi ravida.
Esimesed mikroskoobid valmistati Hollandis 16. sajandi lõpus. Leiutajateks oli Hollandi optik Yas Jensen või mõni teine Hollandi teadlane Hans Lipsch, kes valmistas kahe läätsega lihtsaid mikroskoope, kuid ei teinud nende instrumentidega olulisi vaatlusi.
Kaks inimest hakkasid hiljem teaduses mikroskoope kasutama. Esimene oli Itaalia teadlane Galileo Galilei. Esmalt kirjeldas ta putukat läbi mikroskoobi pärast selle liitsilmi. Teine oli Hollandi linakaupmees Leeuwenhoek (1632-1723), kes õppis ise läätsi teritama. Esimest korda kirjeldas ta paljusid pisikesi palja silmaga nähtamatuid taimi ja loomi.
1931. aastal tegi Ernst Ruska pöörde bioloogias, töötades välja elektronmikroskoobi. See võimaldab teadlastel jälgida kuni miljondikmillimeetriseid objekte. 1986. aastal pälvis ta Nobeli preemia.